学院瞄准国际科学前沿和国民经济社会发展的重大问题，对接国家、地方需求，依托相关基地平台建设，开展具有特色的理论研究和技术开发，先后承担了以洱海项目为代表的国家“水体污染控制与治理”科技重大专项以及国家重点研发计划大气专项、土壤专项项目及课题7项，国家自然科学基金重点项目7项、面上项目73项，承担国家973、863等课题10项；获得了包括云南省科技进步一等奖、教育部技术发明一等奖等在内的省部级科技奖励11项。

学院SCI论文发表数量稳居国内高校前列。近年来，先后在Nature、Science正刊实现突破，在包括PNAS、JACS、ES&T等在内的高水平期刊上发表论文800余篇（其中：2013-2015年ES&T31篇），ESI高被引论文29篇。